Obowiązek rozliczania podatku od towarów i usług przez JST wraz ze wszystkimi jednostkami organizacyjnymi powstał z dniem 1 stycznia 2017 r. Ministerstwo Finansów na stronie internetowej (www.finanse.mf.gov.pl w zakładce VAT/Broszury informacyjne) zamieściło wyjaśnienia (broszury) dotyczące tej centralizacji.
Jak wynika z broszury informacyjnej z 24 listopada 2016 r. "Centralizacja rozliczeń w podatku VAT jednostek samorządu terytorialnego", od dnia dokonania centralizacji rozliczeń JST jest podatnikiem VAT (wraz ze wszystkimi swoimi jednostkami organizacyjnymi), a także stroną we wszystkich czynnościach i postępowaniach prowadzonych przez organy podatkowe. W związku z tym wszystkie obowiązki wynikające z ustawy o VAT ciążą na JST. Celem prawidłowego wywiązywania się z tych obowiązków JST powinna wdrożyć stosowne zmiany organizacyjne i proceduralne. Każda jednostka organizacyjna JST powinna działać według takich samych procedur ustalonych przez JST, zgodnie z którymi powinny być, w szczególności wystawiane i odbierane faktury, prowadzona księgowość (ewidencje) dla celów VAT, analizowane dokonane zakupy pod kątem realizowania prawa do odliczenia podatku naliczonego, dokonywane korekty odliczonego już podatku naliczonego. Do decyzji JST pozostaje czy narzucone procedury będą "sztywne", czy też zakładać będą większą samodzielność swoich jednostek organizacyjnych.
Jednocześnie w broszurze informacyjnej "Centralizacja rozliczeń VAT w JST – dodatkowe wyjaśnienia" – w związku z pytaniem dotyczącym traktowania zwrotu VAT (w związku z jego centralizacją) z urzędu skarbowego jako dochodu JST, czy też jako zmniejszenia wydatków – wyjaśniono, że w celu ujednolicenia rozliczeń z tytułu zwrotów VAT możliwe jest stosowanie przez JST analogicznych rozwiązań jak dla państwowych jednostek budżetowych (§ 19 rozporządzenia w sprawie sposobu prowadzenia gospodarki finansowej jednostek budżetowych i samorządowych zakładów budżetowych), poprzez uregulowanie tej kwestii na podstawie art. 212 ust. 1 pkt 10 ustawy o finansach publicznych. Z przepisu tego wynika, że uchwała budżetowa określa m.in. inne postanowienia, których obowiązek zamieszczenia w uchwale budżetowej wynika z postanowień organu stanowiącego JST. Zatem, aby JST mogły skorzystać z możliwości wznawiania wydatków budżetowych, niezbędne są w tym zakresie odpowiednie postanowienia organu stanowiącego.
Więcej na ten temat w Zeszytach Metodycznych Rachunkowości nr 7 z 1 kwietnia 2018 r.
